Los orígenes del Bichón Maltés datan del 8000 a.C. En cuanto a la zona geográfica dónde aparece esta raza existen varias teorías y cierta confusión. Se tiende a creer que el origen geográfico del Bichón Maltés, se sitúa en la isla de Malta, llamada en la antigüedad isla de Melita( Aristóteles creyó que los perros provenían de Malta), pero lo cierto es que el apelativo de Maltés proviene del vocablo málat que significa puerto y no de Melita o Melitia(Ciudad de Sicilia dónde existían unos perros llamados Canis Melitei).
Otros escritores en temas caninos sitúan sus orígenes en más islas mediterráneas no sólo en Malta. Incluso otras teorías sobre su origen es que era una raza miniatura proveniente de Francia.
Cómo decíamos existe cierta confusión acerca de los orígenes geográficos del Bichón Maltés, pero lo que está claro es que esta raza se diseminó rápidamente por todo el mundo gracias a los comerciantes que los incluían en sus tratos como moneda ya que fue una raza muy apreciada y siempre relacionada con la realeza y burguesía.
Se han encontrado objetos que datan de hace más de 2000 años que estaban adornados con imágenes del Maltés y Aristóteles ya escribió sobre ella en el 350a.C.
Algunos de los nombres que han tenido a lo largo de la historia han sido: Perro León Bichón Maltés, Spaniel Gentle, Shock Dog(Perro de Lanas), Ancient Dogge of Malta(Antiguo Perro de Malta).
El Maltés destacó por su habilidad para cazar ratas y ratones en las zonas portuarias. Habilidad que hizo que la palabra terrier formara parte de su nombre, aunque en la actualidad nada tenga que ver con un terrier de trabajo.
Parece ser que había ejemplares negros y blancos y rojos y blancos, siendo éstos los más apreciados y que para mantener un tamaño pequeño de la raza se guardaban en unas cestas pequeñas.
La raza ya estaba en Alemania en el siglo XIX y a Gran Bretaña llego con el reinado de Enrique VIII.
En la actualidad el Bichon Maltés es una de las razas miniaturas más populares de AKC( English Kennel Club) y la FCI(Federación Cinológia Internacional).